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詳解哈佛如何用DNA遺傳物質(zhì)儲(chǔ)存信息

454398 ? 來源:互聯(lián)網(wǎng) ? 作者:秩名 ? 2012-09-08 09:42 ? 次閱讀
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哈佛大學(xué)研究人員將一本大約有5.34萬個(gè)單詞的書籍編碼進(jìn)不到億萬分之一克的DNA微芯片,然后成功利用 DNA 測序來閱讀這本書?!敖窈螅粗复笮〉脑O(shè)備就能存下整個(gè)互聯(lián)網(wǎng)的信息?!痹擁?xiàng)目的首席研究員、哈佛大學(xué)遺傳學(xué)家喬治·丘奇說。要說信息存儲(chǔ),沒有一樣比得過 DNA。人們很早就覬覦我們自身的基因代碼存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的潛力,但如何將信息編碼進(jìn) DNA 遺傳物質(zhì)再如何解讀出來,一直是個(gè)難題。

這是迄今為止人類使用DNA遺傳物質(zhì)儲(chǔ)存數(shù)據(jù)量最大的一次實(shí)驗(yàn)。

近日,哈佛大學(xué)維斯生物工程研究所的一群研究人員嘗試將一本大約有 5.34 萬個(gè)單詞的書籍編碼到不到一沙克(億萬分之一克)的DNA微芯片中,連同文字一起的還有11張圖片和一段Java程序。這是迄今為止人類使用DNA遺傳物 質(zhì)儲(chǔ)存數(shù)據(jù)量最大的一次實(shí)驗(yàn)。“今后,拇指大小的設(shè)備就能存下整個(gè)互聯(lián)網(wǎng)的信息?!痹擁?xiàng)目首席研究員、哈佛大學(xué)遺傳學(xué)家喬治·丘奇(George Church)說,被編碼進(jìn) DNA 的書正是他的大作《再生:合成生物學(xué)將如何改變未來的自然和自己》。

這項(xiàng)實(shí)驗(yàn)被刊登在《科學(xué)》期 刊上。但因編碼存儲(chǔ)和讀取過程太過昂貴,DNA 存儲(chǔ)離商業(yè)化還有一段距離?!半S著DNA合成、測序價(jià)格的不斷下降,這或許將成為長期存儲(chǔ)數(shù)據(jù)的一種選擇?!惫鸫髮W(xué)生物學(xué)教授可蘇里(Sriram Kosuri)說。這一實(shí)驗(yàn),或許為解決未來社會(huì)爆炸性的大數(shù)據(jù)存儲(chǔ)指明了方向。

從二進(jìn)制到堿基對(duì)編碼

DNA 是生物數(shù)據(jù)庫,它的主要功能就是存儲(chǔ)包含各種指令的生物信息。DNA 有 G(鳥嘌呤)、T(胸腺嘧啶)、A(腺嘌呤)、C(胞嘧啶)四種堿基,共同構(gòu)成了相互纏繞的雙鏈階梯狀的螺旋結(jié)構(gòu)。通過這四種堿基不同順序的編碼,存儲(chǔ)了生物所有的遺傳信息。

現(xiàn)代計(jì)算機(jī)技術(shù)奠基者之一馮·諾依曼曾在 1948 年提出“自動(dòng)復(fù)制機(jī)器”的設(shè)想:一個(gè)能夠自我繁殖的系統(tǒng),不僅能夠構(gòu)建某個(gè)組成元素,結(jié)構(gòu)和自己一致的下一代,也能夠把對(duì)自身的描述傳遞給下一代,如此往 復(fù)。后來隨著生物遺傳的奧妙被發(fā)現(xiàn),人們意識(shí)到,DNA 雙螺旋結(jié)構(gòu)正是馮·諾依曼描述的自動(dòng)復(fù)制機(jī)器。

另一種主流的光存儲(chǔ)也在不斷挑戰(zhàn)存儲(chǔ)極限。光盤將數(shù)字編碼的視頻和音頻儲(chǔ)存在光盤表面的凹槽中。激光讀取這些凹槽的背面,就能播放儲(chǔ)存的電影節(jié) 目。光盤包含的數(shù)據(jù)越多,凹槽就必須越小、越緊湊。與之相對(duì),讀取激光的精度也必須越來越高。普通 DVD 使用的是紅色激光在凹槽里記錄信息,藍(lán)色激光波長比紅色激光長,較小的光束聚焦更準(zhǔn)確。此外,藍(lán)光光盤將軌距從 0.74 微米縮小到 0.32 微米。更小的凹槽,更小的光束以及更短的軌距結(jié)合,藍(lán)光的問世正是順應(yīng)了大數(shù)據(jù)存儲(chǔ)的潮流?,F(xiàn)在單層藍(lán)光光盤能夠保存 25GB 以上的信息,是 DVD 可儲(chǔ)存信息量的5倍。還有人在研發(fā)用紫外線做激光,其波長比藍(lán)光更短,如果成功,一張光盤可以保存 500GB 的數(shù)據(jù)。

這些存儲(chǔ)方 式有一個(gè)共同的缺點(diǎn),磁片表面也好,光盤表面也好,都是單層的平鋪式地記錄和保存信息,哪怕磁盤每一層可以疊加,也和 DNA 封閉的雙螺旋立體結(jié)構(gòu)無法媲美,記錄的數(shù)據(jù)量相去甚遠(yuǎn)。一克 DNA 即能儲(chǔ)存上千億個(gè)千兆字節(jié),相當(dāng)于 1000 億張 DVD 光盤的內(nèi)容。

隨著摩爾定律的升級(jí),人們已經(jīng)逐步接近傳統(tǒng)電子制造的極限。人們?cè)缇烷_始在自然中尋找解決問題的靈感。早在 2007 年,就有日本科學(xué)家研究利用趨磁細(xì)菌制造出和傳統(tǒng)計(jì)算機(jī)原件類似的東西,代替磁盤存貯數(shù)據(jù)。今年初,又爆出德國和***的一個(gè)聯(lián)合科研團(tuán)隊(duì)以三文魚的 DNA 作為基礎(chǔ),制造出單次寫入多次讀取的存儲(chǔ)器。不過,那個(gè) DNA 存儲(chǔ)裝置只能儲(chǔ)存數(shù)據(jù)至多 30 小時(shí),且它并沒有利用 DNA 的結(jié)構(gòu)進(jìn)行編碼。

這是個(gè)數(shù)據(jù)爆炸的時(shí)代,無處不在的攝像頭,互聯(lián)網(wǎng)上成倍增長的信息,大量手持設(shè)備的照片、視頻??如果生物存儲(chǔ)技術(shù)足夠成熟,人們可以記錄所有想記錄的一切,而不必?fù)?dān)心家里沒有地方放硬盤。市政部門也不必每隔一段時(shí)間就清理街道攝像頭的視頻記錄,釋放存儲(chǔ)空間。

微流體和芯片實(shí)驗(yàn)室的發(fā)展,讓 DNA 合成和測序變成一項(xiàng)日常工作。以前,要解碼一個(gè)人類基因得花幾年,現(xiàn)在用微流體芯片技術(shù)只要不到一天。如果用于長期存儲(chǔ),這樣的速度還是可以接受的。隨著 DNA 讀寫技術(shù)的商業(yè)化,未來的 DNA 硬盤,或許會(huì)和今天的硬盤、光碟一樣普遍。

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