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不同與 NiosII IDE 從.ptf 文件中獲取所有的硬件信息，Software Build Tools 從.SOPC 文件中獲取硬件信息。在QuartusII 工程的文件夾中（即.SOPC 所在目錄中）新建software 文件夾，在該文件夾下新建兩個空文件夾：APP，BSP。在APP 文件夾下粘貼Application Project源文件以及所需頭文件。
在 NiosII IDE 中調用flash programmer 將.elf 文件轉化為.flash 文件便下載到flash 或EPCS 器件中。在下載.flash 文件之前需要先下載硬件鏡像（hardware image），不然下載的軟件鏡像會被破壞。第二種下載方式是通過Software Build Tools，命令行nios2-configure-sofdir/*.sof 下載硬件鏡像，命令行nios2-download –g dir/*.elf 下載軟件鏡像。
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