???????? 目前，基因芯片的信息挖掘已成為生物信息學(xué)研究的熱點之一，引起了廣泛的重視。特別是高密度的DNA微陣列，由于它荷載了成千上萬個DNA片段，可用于高通量的生物學(xué)檢測，其開發(fā)和利用已進入商業(yè)化階段，而其信息處理和信息挖掘更受關(guān)注。本文介紹了基因芯片分析中聚類分析軟件的設(shè)計與實現(xiàn)過程，并對軟件系統(tǒng)結(jié)構(gòu)、功能模塊、關(guān)鍵技術(shù)進行了闡述。該軟件能完成基因芯片分析中聚類分析工作。它的開發(fā)為從事基因芯片分析的研究人員提供了有效的數(shù)據(jù)處理和分析工具。
關(guān)鍵詞：生物信息學(xué)；基因芯片；聚類分析；差異基因；
???????? 基因芯片，又稱DNA芯片（DNA chip）或DNA微陣列(DNA microarray),是隨著“人類基因組計劃”（human genome project, HGP）的發(fā)展而發(fā)展起來的一項新技術(shù)，可廣泛應(yīng)用于基因序列分析、基因突變檢測和多態(tài)性分析，以及疾病的基因診斷等許多領(lǐng)域。
??????? 目前，基因芯片的信息挖掘已成為生物信息學(xué)研究的熱點之一，引起了廣泛的重視。特別是高密度的DNA微陣列，由于其荷載了成千上萬個DNA片段，可用于高通量的生物學(xué)檢測，其開發(fā)和利用已進入商業(yè)化階段，而其信息處理和信息挖掘更受關(guān)注。鑒于此，本軟件是一個基于C/C++開發(fā)的基因芯片聚類分析軟件，用戶可根據(jù)實際的需要采用軟件提供的多種不同的聚類技術(shù)實現(xiàn)基因芯片的數(shù)據(jù)挖掘。本文從軟件系統(tǒng)結(jié)構(gòu)、數(shù)據(jù)文件的格式、聚類的方法、差異基因的判斷這五個方面對軟件的設(shè)計和實現(xiàn)功能進行了詳細闡述，著重介紹了聚類分析、差異基因判斷所應(yīng)用的相關(guān)算法和設(shè)計過程。