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貝葉斯方法在蛋白質(zhì)耐熱性分類中的研究

2009-08-15 | rar | 198 | 次下載 | 2積分

資料介紹

氨基酸含量是影響蛋白質(zhì)耐熱性的主要因素。本文以氨基酸含量為特征向量,研究了
貝葉斯方法預(yù)測蛋白質(zhì)耐熱性的準(zhǔn)確度。結(jié)果表明,基于貝葉斯方法的局部預(yù)測率
和全局預(yù)測率分別為73.1%和76.1%。這不僅表明貝葉斯方法適合于蛋白質(zhì)耐熱性
的分類,而且也證明了氨基酸含量的確對蛋白質(zhì)耐熱性有重要作用。
地球上的生物對周圍環(huán)境有著驚人的適應(yīng)性。在噴發(fā)的火山中,在高鹽的死海里,在冰
冷的極地都可以發(fā)現(xiàn)它們的蹤跡。Andrey Karshikoff 等[1]根據(jù)微生物的最適生長溫度將其分為四大類:嗜冷菌(0℃<最適生長溫度<20℃),常溫菌(20℃=<最適生長溫度<50℃),耐熱菌(50℃=<最適生長溫度<80℃),超耐熱菌(80℃=<最適生長溫度<120℃)。盡管常溫菌和嗜熱菌的蛋白質(zhì)都是由20 種相同的氨基酸組成,然而它們的耐熱性卻有很大差別。影響蛋白質(zhì)耐熱性的因素很多,主要有:氨基酸含量、氫鍵、鹽橋、溶劑接觸表面積等因素[2]。
長期以來,人們認(rèn)為氨基酸含量是影響蛋白質(zhì)耐熱性的主要因素[3]。
根據(jù)耐熱性對蛋白質(zhì)進(jìn)行預(yù)測就是蛋白質(zhì)分類的過程。分類的方法很多,主要有支持向
量機[4],神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)[5],KNN[6]等。貝葉斯是基于貝葉斯統(tǒng)計學(xué)習(xí)方法的分類器。本文以氨基酸含量為特征向量研究了貝葉斯方法預(yù)測蛋白質(zhì)耐熱性的準(zhǔn)確度,這樣不僅可以判斷貝葉斯方法是否適合于蛋白質(zhì)耐熱性分類,而且可以判斷氨基酸含量是否是影響蛋白質(zhì)耐熱性的主要因素。
貝葉斯方法
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