清華大學(xué)楊茂君實(shí)驗(yàn)室是國(guó)內(nèi)領(lǐng)先的結(jié)構(gòu)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室，楊茂君教授目前為清華大學(xué) Tenue-Track 系列教授，研究方向?yàn)樯锎蠓肿拥慕Y(jié)構(gòu)生物學(xué)基礎(chǔ)，主要以冷凍電鏡為研究手段探究生物大分子的結(jié)構(gòu)與功能。NVIDIA DGX Station A100 助力清華大學(xué)生命學(xué)院楊茂君教授實(shí)驗(yàn)室，縮短了冷凍電鏡數(shù)據(jù)的處理時(shí)間，效率提升了約 50 倍。

GPU 替代傳統(tǒng)計(jì)算方式

解決龐大計(jì)算問題

目前單顆粒的冷凍電鏡的數(shù)據(jù)收集產(chǎn)生的數(shù)據(jù)量很大，以往的經(jīng)驗(yàn)是使用 CPU 服務(wù)器以及多核多線程的方法進(jìn)行計(jì)算，但在實(shí)際計(jì)算過程中，無 GPU 的普通服務(wù)器計(jì)算時(shí)間比較長(zhǎng)，嚴(yán)重阻礙了后續(xù)的實(shí)驗(yàn)進(jìn)展。以一套使用 Titan Krios 收集的 2000 張照片的數(shù)據(jù)量為例，使用 box 為 200 埃進(jìn)行顆粒的抽取，后續(xù)假定可以抽取 200 萬左右的顆粒，使用普通的無 GPU 服務(wù)器的普通工作站進(jìn)行處理數(shù)據(jù)。以 RELION 軟件為例，普通的二維和三維每一輪次可能需要一天，處理完所有的數(shù)據(jù)的二維和三維操作，得到最終的結(jié)果至少需要一個(gè)月的時(shí)間。

GPU 加速的三維重構(gòu)計(jì)算，打破了上述的僵局。目前使用 GPU 的并行計(jì)算能力對(duì)于冷凍電鏡的大規(guī)模處理，可以迅速的對(duì)圖像進(jìn)行優(yōu)化和提升后續(xù)的處理時(shí)間。依托 NVIDIA DGX Station A100，使用 MotiionCorr2 和 GCTF 軟件對(duì)圖像進(jìn)行處理，極大的縮短了后續(xù)的處理時(shí)間。同時(shí)使用 RELION 軟件進(jìn)行二維和三維分類的時(shí)候， GPU 加速大大提高了數(shù)據(jù)的處理時(shí)間。目前 200 萬左右的顆粒進(jìn)行二維分類，每一輪次可以縮短到 20-40 分鐘左右，半天的時(shí)間就可以跑完一次理想的二維分類。樣品質(zhì)量好的話，借助于 GPU 加速， 2000 張照片的整體處理時(shí)間可以縮短到 4-7 天左右，給后續(xù)的冷凍電鏡的數(shù)據(jù)處理帶來了質(zhì)的變化。

GPU 加速計(jì)算

超強(qiáng)助力單顆粒冷凍電鏡研究

借助于 NVIDIA DGX Station A100，該實(shí)驗(yàn)室極大地提升了單顆粒冷凍電鏡的數(shù)據(jù)處理時(shí)間，優(yōu)化了數(shù)據(jù)處理流程，為推動(dòng)相關(guān)科研成果提供了良好的計(jì)算平臺(tái)支持。

“在使用 NVIDIA DGX Station A100 過程中， GPU 的并行計(jì)算能力能夠很好的對(duì)圖像進(jìn)行預(yù)處理，打破了冷凍計(jì)算過程中的時(shí)間過長(zhǎng)的壁壘，大大減少了投入成本。能夠快速的在一周左右的時(shí)間內(nèi)完成從收數(shù)據(jù)到解析結(jié)構(gòu)的過程，使科研工作者能夠更快的投入到后續(xù)的結(jié)構(gòu)分析過程中，特別是在冷凍電鏡以及結(jié)構(gòu)生物學(xué)高速發(fā)展的今天，使用高性能的 NVIDIA GPU 服務(wù)器，能夠更好的搶占先機(jī)，縮短相應(yīng)的科研攻關(guān)時(shí)間，為國(guó)內(nèi)基礎(chǔ)科研的快速發(fā)展提供了更好的平臺(tái)?！鼻迦A大學(xué)生命學(xué)院楊茂君教授表示。

本案例中， NVIDIA 優(yōu)選級(jí)合作伙伴北京安聯(lián)通助力清華大學(xué)楊茂君實(shí)驗(yàn)室部署了高效 AI 計(jì)算處理平臺(tái)，同時(shí)把原有的網(wǎng)絡(luò)傳輸設(shè)備改換成全新的 NVIDIA 網(wǎng)絡(luò)產(chǎn)品，大大提高了實(shí)驗(yàn)室設(shè)備的傳輸速度。